Ook waterplanten hebben last van ziekten en insektenvraat. Zoals bij de meeste wilde planten het geval is, zijn deze niet zeldzaam, maar ze treden zelden zodanig massaal op, dat ze belangrijke schade aanrichten.
Maar zo af en toe is het toch nodig om iets aan bestrijding van de ziekten of van een insektenplaag te doen. Met chemische middelen is dit vaak wel eenvoudig, maar het is niet altijd zonder gevaar voor de vissen en de andere dieren. Daarom moeten we onze aandacht meer richten op de biologische ziektenbestrijding; het biologische evenwicht is immers de beste bescherming tegen ziekten. Vele parasieten komen juist op de zwakkere planten af, de gezonde hebben in het algemeen meer weerstand tegen ziekten.


Allereerst dienen we onderscheid te maken tussen ziekten, veroorzaakt door bacterieën of door schimmels en beschadigingen, veroorzaakt door dieren, meestal door insecten. Het gebruik van verse, niet voldoend verrotte kompost aarde begunstigt het optreden van bacterieën; dit geldt ook voor organische meststoffen. Om de planten tegen deze rotting te beschermen moet men allereerst zorgen, dat er geen open wonden blijven zitten, vooral bij waterlelies dienen de snijvlakken aan de wortelstokken met houtskool, koolas e.d. gedesinfecteerd te worden; rottende delen moeten worden weggesneden. Het gebruik van turfmolm schijnt een gunstige invloed te hebben. Wanneer we later deze planten moeten bemesten dan dienen we toch iedere beschadiging te voorkomen.


Meeldauw treedt bij waterplanten vooral op, als er iets niet in orde is; de meeldauwzwam verschijnt spoedig, wanneer de planten op een of andere wijze verzwakt zijn. Bij waterlelies treedt de meeldauw eigenlijk alleen op, wanneer in de zomer de waterstand te laag is, waardoor de bladeren boven het water gaan uitkomen en spoedig van. droogte te lijden hebben.


Onder de schadelijke insekten zijn er vele, die bladeren, stengels en zelfs ook wel de bloemen van de meest verschillende waterplanten aanvreten. Berucht is vooral de waterlelieluis, Rhopalosiphum nymphaeae, die vooral in droge, warme zomers massaal kan optreden. Ze zitten dan aan de bovenkant van de bladeren in de bloemen. Ze zijn niet erg kieskeurig, men kan ze ook vinden bij Alisma, Butomus en vooral bij Sagittaria. De aangetaste planten hebben er soms zoveel last van en ze gaan zo sterk achteruit, dat ze, wanneer we de ziekte geen halt toeroepen, dood gaan. De waterleliebladluis heeft als tussenplaats de pruimeboom; in de herfst worden daarop de eieren gelegd; ze overwinteren daar en in het volgend voorjaar leven ze van de jonge pruimebiaderen ; in de voorzomer vliegen ze naar de waterlelies, waar ze zich massaal kunnen vermenigvuldigen .


Bestrijding is betrekkelijk eenvoudig: men moet de planten vaak met water bespuiten of gewoon onderdompelen, waardoor de luizen verdrinken. Er zijn ook dieren, die het op de bladluizen voorzien hebben zo bijv. het lieveheersbeestje en de zweefvliegen, verder mieren en ook verscheidene vogels. Het is dus wel van belang, drinkplaatsen voor vogels aan te brengen. Bestrijding met chemische middelen is alleen mogelijk, wanneer deze niet in het water terecht kunnen komen.


Een veel voorkomend insekt is de waterleliemot, Acentropus niveus, die tot de kokerjuffers behoort. Het zijn kleine, vlinderachtige insekten, waarvan de larven leven in een kokertje, dat zij gefabriceerd hebben uit zand, steentjes, stukjes hout, kleine slakkehuizen, waarin men soms de slakken nog kan aantreffen. Iedere soort mot heeft zijn eigen bouwmateriaal. De water1eliemot snijdt uit de bladeren twee kleine, ovale, schildvormige stukjes, waartussen hij dan leeft. Men behoeft de bladeren slechts om te draaien om de motten te vinden en men kan ze dus gemakkelijk verzamelen en verdelgen.


De waterleliekever, Galeruca nymphaeae vreet vaak gaten in de bladeren en in de bloemen; de larven leven in het water en vreten de bladeren van de onderkant uit aan. Ze vallen evenwel hun natuurlijke vijanden nl. de vissen, gemakkelijk ten offer. De kever zelf overwintert in de buurt van oeverplanten.


De kleine mot Hydrocampa nymphaeata, die ook de waterlelie aantast, komt weinig voor. De larven leven hier aan de bovenzijde van de bladeren, niet alleen van waterlelies ook van die van de watergentiaan, Nymphoides peltata, waarbij ze vaker voorkomen. Indien mogelijk moet men trachten ze op te zoeken en te verdelgen; men moet dit wel enkele keren herhalen. Is een schadelijk insekt eenmaal vernietigd, dan is men deze voorlopig wel kwijt, maar toch is het mogelijk, dat hij van naburige bassins weer terugkeert.