Als een waterlelie niet bloeit, kan dit verschillende oorzaken hebben.
Het kan aan het ras van de waterlelie liggen; sommige rassen bloeien veel minder dan andere. Een andere reden kan zijn dat de lelie in de halfschaduw of schaduw groeit. Een waterlelie heeft veel zon nodig om te bloeien. Stromend water, bv door een fontein, kan de lelie ervan weerhouden om te bloeien. De groeidiepte van de lelie kan een andere reden zijn. Lelies kunnen het best tot 1 meter diep geplaatst worden. Als de lelie dieper staat is het water te laat in het jaar op de goede temperatuur.